Chẩn đoán bệnh thường dựa trên biểu hiện lâm sàng với vị trí đặc trưng của ban (tay, chân, miệng và mông). Phân lập virus từ các bệnh phẩm phết họng hay dịch của các bọng nước thường sau 2 đến 4 tuần mới có kết quả nên nó không hữu ích cho chẩn đoán trên từng bệnh nhân cụ thể mà chỉ có ý nghĩa chẩn đoán hồi cứu và ý nghĩa dịch tễ học. Các thầy thuốc lâm sàng thường không yêu cầu xét nghiệm này. Và không phải tất cả các phòng xét nghiệm vi sinh vật đều có thể thực hiện kỹ thuật nuôi cấy virus gây bệnh được.

Chẩn đoán phân biệt với nhiễm herpes miệng. Dữ kiện lâm sàng, tuổi và yếu tố dịch tễ thường giúp ích.